元代建順元城，其北門在今勇烈路與中華中路相接處。明洪武十五年（1382年）改土城為石城，并把北門擴展到今噴水池一帶，全城有門五孔，東為武勝門（民國時改名禹門，俗稱老東門），西為圣泉門（民國時改名中山門），俗稱大西門，北為柔遠門（俗稱北門，今噴水池）。明熹宗天啟六年（1626年）增筑外城，有門四孔，東為小東門（新東門），東北為洪邊門，北為六廣門，西為威清門，新舊兩城共有城門九孔，七孔在今云巖區(qū)境。本世紀40年代后陸續(xù)拆除，但至今人們?nèi)砸愿鞒情T名稱表示方位。明代貴州建省以后，云巖區(qū)境為貴州歷代行政機關(guān)駐地。明永樂十一年（1413年）建貴州布政司，永樂十八年（1420年）建按察使司，清王朝亦沿襲。民國時期省政府等均區(qū)境。

　　云巖區(qū)境，元屬順元宣慰司，明初隸貴州宣慰司，隆慶三年（1569年）建貴陽府后，區(qū)境為附郭。萬歷十四年（1586年）置新貴縣，區(qū)境為附郭。清康熙二十六年（1687）置貴筑縣，區(qū)境屬紅邊、西上、南隅三里。乾隆十四年（1749年）改貴陽府附郭，區(qū)境屬內(nèi)城東北保、西北保及外城西南保、東南保、西北保。民國3年（1914年）置貴陽縣，區(qū)境隸之。民國9年（1920年）設(shè)鄉(xiāng)，區(qū)境隸貴山、雅關(guān)等6鄉(xiāng)。民國19年（1930年）改9個區(qū)，其中6個區(qū)轄今區(qū)境。民國30年（1941年）置貴陽市，民國32年（1043年）設(shè)鎮(zhèn)，今區(qū)境有13個鎮(zhèn)。民國33年（1944年）改為區(qū)，其中一、二、三、七、九區(qū)轄今區(qū)境。1949年11月15日貴陽市解放，1950年5月將接管的9個區(qū)調(diào)為7個區(qū)。一、二、七區(qū)及六區(qū)一部分在今區(qū)境。1952年五、六、七區(qū)合并為郊區(qū)，下設(shè)5個鄉(xiāng)，其中二、三、四鄉(xiāng)在今區(qū)境。1955年，改一、二區(qū)為云巖區(qū)、富水區(qū)。1958年，云巖、富水兩區(qū)合并為云巖區(qū)。云巖區(qū)人民政府駐地設(shè)在毓秀路。2003年遷往大營坡。2003年全區(qū)共15個街道辦事處，1個鎮(zhèn)。113個社區(qū)居民委員會，13個村民委員會。